2000年,内田有纪出演的两部电视剧《天使消失的街道》、《拭去泪水》分别于4月12日和10月11日在日本首播。
巨翼
2001年1月12日,与柏原崇合作的电视剧《巨翼》在日本首播。
2002年内田有纪因参演长寿剧《北国之恋2002遗言》,与剧中饰演其男友的主演吉冈秀隆擦出爱火花,并共结连理;同年11月28日,内田有纪宣布告别娱乐圈,成为一名专职家庭主妇。
2006年4月25日,内田有纪亮相《周刊朝日》,同年7月2日,凭借TBS日九大戏《我比谁都爱妈妈》,正式宣布复出,在剧中内田有纪与日本常青树田村正和合作,饰演嘉门一丰的长女嘉门雪一角。
2007年,内田有纪与妻夫木聪、苍井优及宫藤官九郎等演员合作的电影《
欢迎来到隔离病房》于10月20日在日本上映,并且凭借该片获得第50届日本蓝丝带最佳女主角提名。
2008年,出演《世界奇妙物语2008秋季特别篇》、《爱无罪》两部电视连续剧。
2009年1月10日,与中村勘太郎、藤原龙也合作的电影《
禅》在日本上映。
2010年6月1日,出演的电视剧《跳跃的大搜查线系长青岛俊作》在日本播出;同年7月3日,电影版本《跳跃大搜查线3:开释罪犯》在日本上映。
2011年,出演电视连续剧《你教会了我什么最重要》、《堂吉诃德》。
2012年1月12日,与小泉今日子、中井贵一合作的电视连续剧《
倒数第二次恋爱》在日本播出;同年11月2日,《倒数第二次恋爱 2012秋SP》在日本播出。
2013年5月25日,与龟梨和也、加濑亮主演的电影《是我是我》在日本上映。
2015年,与堺雅人、苍井优、吉濑美智子合作的电视剧《Dr.伦太郎》于4月15日在日本播出。