在《特警90》故事中，高级督察洛珊（麦翠娴）与他的团队成员杜伊玲和周子文等，一起追踪了名叫湖南仔（南仔）的重案。南仔是一个诡异聪明的犯罪家，他经常闪避法律，并且受到上司韩警司的强加之压力。
洛珊为了报复父亲被杀害的情节，非常追求追捕南仔，但在多次巡回湖南、北京等地方时，并未能将他逮捕。在调查过程中，洛珊发现了南仔与董明的联系，并且希望在董明与泰国毒品交易时拘捕南仔。但是因为一系列误会和障碍，洛珊最终失败了，导致南仔逃脱并消灭了重大的犯罪证据。
警方认定案情很严重，决定派出洛珊和石辉两位领导人一起调查。由于初期的不满之情，洛珊和石辉并未相互理解，但随着时间的推移，两者在彼此了解的过程中，感情逐渐增加。而同时，杜伊玲与石辉的手下李健因为一起坠爱河，造成了一场难忘的伤心事件。
洛珊和石辉决定利用他们对各种黑帮的理解来追踪南仔，并且欲以此机会逼使黑帮头子交出南仔。但是当他们开始调查时，南仔却利用了一系列手段，导致健的逝世，同时又炸毁了警署，示威自己的无懈可击之心。
特警90影评