已经过去了5年，世界逐渐返回和平。然而，Amazon细胞感染的人类继续扩大，政府秘密组建4C队伍，驱除Amazon化的幻影。
在这场混乱中，被Amazon养大的少年·千翼成了假面骑士Amazon Neo，与Amazon作战。但是，在被吃人冲动所激发的他面前出现一位神秘美女·优。首次，他没有“想吃”的念头出现，而是被她吸引不离。
最终，我们发现这位美女·优是被Amazon杀害后复活为Sigma型Amazon的小女孩。恶意的Amazon想要通过她来实现世界的毁灭。
于是，千翼与优开始在一起，他决定用自己的力量保护世界。不再成为一只饥饿的野兽，而是成为一个勇敢的侠士，一名称呼于千翼的Amazon Neo。
