古代奇士华佗（林文龙饰），自幼醉心医学，在意外中遇到了名医张仲景，成为了他的徒弟。一天，关云长带领同乡请治病，华佗发现这些人患有异常疾病，不是普通伤寒，于是结合《伤寒论》和《滋阴论》，创造了治疗瘟疫的方法。然而百姓迷信鬼神，小人利益导致对华佗不断的骚扰和冤枉。
张妙心（伍咏薇饰）是时代的好女士，她与华佗两情相悦，决定下嫁并随夫逃亡。华佗移居许昌后面临无药可为之的灾难，尽力救治不断失败，被蔑称为“医死人大夫”。生活日积月累，他似乎离幸福逐渐越来越远。
然而，事业成功之后，华佗代理曹操（黄日华饰）的幼儿数年，治好了许多难以治愈的病人。曹操感激于他，封为太医院监，让华佗去撰写《内经》。
但是，曹操的恶名逐渐暴露，命令华佗制毒药杀害关之士兵，华佗不耻操所为，投靠了关云长。曹操头风发作时，老羞成怒，指使太医院内三百余人为胁力，要求华佗回到许昌治病。华佗明显感受到了这一切都是命运的安排，但他仍然坚持保护他的信念和道义。
