57年康熙秋猎中，木兰之战中的暴徒行劫，导致皇族溃伤，哈达亲王落生。愤怒的皇四子、雍亲王（饰演于郑少秋）南下，追随刺客，缉嫁丐匪和保护振远镖之路上。
在石门的旅途中，雍亲王与江南名儒女孩吕丝丝（饰演于梁琤）相遇，两人协力推算真实，并成为好友。他们共同追查案，铲除桐山之贼，多次遭难，互助相愉。
因行刺案而受罪的左翼长刘勇，被关在监狱，女儿小流散了。将军李家的两个儿子（一名李卫、一名李才）因其父亲遭牵连而不得好运。
胤禛希望通过南巡发赈来制造敌人之计，却意外地在少林之战中找到了江南八侠之一、虞慧儿（原名十七格格）。他高兴得见女子归来，并封成佛抱格格。为保护佛抱格格顺利入宫，雍亲王托请了丝丝照料她。
这让丝丝离开了父亲，北上皇苑，与佛抱格格相处，并得到长官隆科多襄的助益，成为雍正太后。李才因为丝丝的鼓励，考取了高级官职，成为侍命军机处的重要人物，雍正深爱他们。
但是，雍正与丝丝在南北之间有着长期的隔阑，最终导致她悲凉不已。李才因为报告了石门东海书院存在盗窃官粮的消息，使得那里遭到了全面的清算。
丝丝和李才请命未能返回家园之前，遭遇了巨大的变故，她感动得为他写了三朝演义。但这本书中暗示了宫禁，使其被刑罚。丝丝因此放弃了官职，囹圄中生下了一个孩子。
雍正十三年八月廿三日夜，胤禛端坐就戮，丝丝遭受了重创。两人之恩仇无法泯沓，牡丹亭中生死如谜。
雍正的继任者弘历即位，改朝成为乾隆。二十年后，有传闻说黄山之巅有两个神仙侠侣，似乎是雍正和丝丝的灵魂……正所谓，吴水深万丈，楚山邈千重，雌雄终不隔。
