在未来不久，海平面因不明原因急速上升，沉没了大部分陆地。失去一条腿的少年夏生，厌倦于都市的生活，移居到了海边的平和小镇。他只有船、潜水器材和遗下的债务，但遗下的是由曾经的海洋地质学家的祖母留下来的。
为了重新获得“失去的未来”，夏生与债务人凯瑟琳一起潜水前往传说中保存着祖母遗产的海底仓库。在那里，他遇到了一位沉睡在似乎是像棺材一般装置中的奇特少女“亚托莉”。她是一位精密到与人类无二致，拥有丰富感情的机器人。从海底被打捞起来的亚托莉如是说：“我想实现主人留给我的最后命令。在此之前，我会成为夏生先生的腿！”
在逐渐沉入海中的平和小镇里，少年与机器人少女的难忘的夏日就这样开始了。
基于《ATRI -My Dear Moments-》由 Front Wing × CUBE 同名游戏的改编，近期宣布将对此进行动画改编。
