情节发生在东京八丈岛附近海域，位于世界各地警方联网的高科技设施——"太平洋浮标"即将启动。在这里聚集来自全球许多地区的工程师，正在测试基于人脸识别的最新黑科技……
同时，柯南一行人出海观鲸，途中收到了冲矢昴（赤井秀一）的电话，告知欧洲刑警组织成员在德国遭受琴酒的骇杀。为追查真相，柯南潜入"太平洋浮标"……
随着工程师们正式准备启动系统时，突然发生了一起案件！一名女工程师被黑暗组织绑架，她手中保有核心技术的U盘也被黑暗组织获得！
此时，水底传来陌生潜水艇的靠近声音，让人感到不安，一个神秘的黑影也在静默地向灰原哀逼近……
