在椚丘中学，三年E班似乎是普通的教室，但实际上它汇集了世界各地技能高超、冷酷无情的暗杀手。这些人每年都会收到来自不同国家的秘密任务，替他们的首脑解决困难。这一次，他们共享了一个目标：捕摸并消灭巫师（配音：福山润）。
巫师是神秘存在之一，它的外貌不像人类，但却具备敏感的神经和迅速的反应力。谁知道它来自何处？谁知道它为何会成为三年E班的班主任？因为摧毁地球的意图，巫师被列入了暗杀名单上，作为高价悬赏人物。然而，作为三年E班的学生，成功消灭巫师将使他们毕业。就这样，周围充满危险的日常就此展开，围绕着神秘的巫师。
