五年后，日本重新安静了。然而，为了应对未知，自卫队决定利用哥斯拉的细胞制造反抗武器——"抗核细菌"（ANB），并将过去与哥斯拉冲突中破坏的超级武器“Super_X”改造为“Super X2”。可惜地，三原山里的怪物再度震动了日本东部地区，导致白神博士的实验室中生长的一个植物死亡。受这一冲击，白神博士决定参与ANB计划，并用他女儿细胞和玫瑰细胞混合后的植物，结合哥斯拉细胞创造出了不死植物——碧奥兰蒂。然而，在一场意外中，碧奥兰蒂逐渐成长到巨大之前就被释放了，在芦之湖茁壮成人的时候。不幸的是，三原山爆炸，哥斯拉又出现了，自卫队无法阻止它向东京方向移动......最终，“Super X2”被使用以改变哥斯拉的行进方向，但是在坚持不懈的攻击下，“Super X2”也遭受了破坏。然而，没有人预料到，哥斯拉正朝着碧奥兰蒂的所在地前进......
