该故事发生在二十一世纪末，魔法已成为科学与超能力的融合产物，广为人知。为了更好地服务国家，建立了魔法大学附属第一高校，培养专业人才。中村悠一（司波达）和早见沙织（司波深雪）是这所 magic high school 的新生。其中，深雪被称为“花冠”，具有优异的能力，而悠一则是充当其补充的二科生“杂草”。在学园中，兄妹两人与许多有趣、独特个性的同学们相遇——内山夕实（千叶艾丽卡）、佐藤聪美（柴田美月）、寺岛拓笃（西城雷欧哈鲁特）、田丸笃志（吉田干比古）等，在学习中不仅面临普通的课程，还要揭开学园藏在身边的秘密。
魔法科高校的劣等生影评