在东京的巨大学园都市，居住着超能力被评定为六个等级（Level 0 至 Level 5）的学生。该市拥有超能力发展专门课程，总人口达23万，其中8成是学生。高中生上条当麻正是其中之一，他因为身手隐藏着无法抵御异能之力的“幻想杀手Imagine Breaker”而被评为“无能力” Level 0。他的人生充满不幸。但是，上条的生活在暑假开始时因一位从天降临的纯白修女—茵蒂克丝（出自“禁书目录）”而遭到了重大改变。他们之间的邂逅，将上条卷入了各种事件中。学园都市统治者“科学”方和与茵蒂克丝关联的“魔法”方在双方事件的惊险解决过程中，上条的人际关系逐步扩展。随后，由于上条的存在，魔法一方的十字教罗马正教终于注意到了他。与此同时，学园都市的科学方也在作出反应。但是，还有越来越多的人不断出现，渐渐开始与上条关联，使命运大为改变。这些因与上条有所关联而得到新命运的“英雄”们在世界对峙中立场出来。就像上条当麻一样，科学与魔法第三次交织时，故事将会大幅推进！！
（注：“禁书目录3”是一部动画电影。它的原剧情讲述了在东京学园都市中超能力开发专门课程的学生们的故事，其中涉及科学与魔法的争论、战斗和挣扎。）
魔法禁书目录3影评