在地球上不明所以的儿童失踪事件颠覆了社会安宁，各种调查组织无法解决此问题。而在这个困难之际，神秘组织“天安基金会”登场，分派特工马天马和李昂开始紧密调查。他们成功破解了许多儿童失踪案，但却发现这仅仅是外星生物组织“安妮会”阴险的首发。使用异次元虫洞召唤强大的外星生物"瓦苏恩",并支持其攻占地球，是他们的最终目标。
为了摧毁外星种族侵略计划，马天马决定深入敌人巢居——“魔方城”。与众多以“开启未知世界探索秘密”为主题的科幻片不同，《猎杀外星人》勇于面对种种“不美好”，冒着风险揭露暗处藏身的阴暗势力。电影背景设定在了成千上万年后的未来世界，时代更迭，但人性并未改变，黑暗犹存在于深处，阴暗欲望更加强烈。“安妮会”则是对黑暗势力企图摧毁世界的贪心的一个泄露，使用儿童失踪案作为故事引火。这反映了社会中仍然存在着险恶之处，提醒众人要提高危机意识，要心存善念，共同维护社会的和谐安定。
