在过去的十年里，世界因死亡笔记而引发的混乱终于悄无声息地蔓延开来。作为特别工作组成员的 Tsuchiura 和他的同伴，包括经历了基拉事件十年前的松田，一起进行调查。美国华尔街、日本涩谷等地发生大规模死亡，都因为死亡笔记而引起的屠杀。世界上最著名的私家侦探龍崎则是 L 的合法继承人，他也在调查这些事件。
他们终于发现了六本死亡笔记，还发现了一个名为 Kira 的计算机病毒，正在世界范围内传播。Kira病毒中有一条信息：要求交出六本死亡笔记。拥有这些笔记的人将统治世界。现在开始了希望基拉复活的人与希望阻止它的人之间的激烈对抗。
