在《神的孩子喃喃自语》中，日常从感激父亲的“祈”开始的家庭生活逐渐变得艰难。女儿遥因为反对教团的规定而被禁止参加高校活动和与同学交往。在一个信徒同行的KTV中碰到同级的义也，爱子发怒、被迫停留在家中。
父亲信二则一直在土日上班，为财务困难而感到自责。假期中，他带整个家人去水族馆玩逛。但这一次，情绪重叠下来，他愿望女儿们能够在信仰的道路上成长。但事实证明，这是他最后的心愿。
遥因父亲突然离世而感到失望，对于离弃家人的母亲表现出怒气。她厌弃信仰，离开了家庭。相反地，祈为了守护孤独的母亲而做出更强大的神誓。
遥首次接触“外界”，感到搞不清楚要怎么办，还无法确定自己该去哪里…但在一个不可思议的男子身上获得了帮助。这个男孩将遥引导进入了KTV职场中，遥被迫吐露内心深处的痛苦。这是她从神离弃母亲和妹妹而带来的罪愧意识。
几年后，祈见到了变得美丽的遥。她忧虑自己从家中逃跑是否能够再次受邀回到母亲的怀抱…但这一次，他们重新相会，双方感受到过去的遗憾和痛苦。
最后二人向母亲返回。遥可能会在姐姐和祈的拥抱中找到幸福…
