在人类进入宇宙活动的大规模时代，调整者和地球人之间的摩擦日益加剧。于C.E70年2月14日，被后世称为“血色情人节”，由扎夫特（特别任务战斗力增强部队）所属的调整者军事组织，与大西洋联邦领导下的地球联合军冲突致灭。
阿斯兰（石田彰），因母亲在血色情人节期间丧生而决定加入扎夫特，参与收集由地球军秘密研发的新型机动战士——高达。反对调整者的地球军也在暗中进行反抗，偶然中，阿斯兰的儿时好友基拉（保志总一朗）被卷入地球军的阵营，夺取还未被夺走的高达。在这场复杂的背景下，强大的战斗力和爱与仇之间的纠葛，让阿斯兰和基拉重逢，于是此次关于战争与和平的故事展开……
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