从遥远的宇宙来的科幽生物集团 KERORO 隊，此次为地球带来救世之刃！在《克罗罗对克罗罗天空大决战》中，冬树和 KERORO 队伍前往印度帝国马丘比丘足迹参观，冬树因喜欢神秘事物而大开心，但 KERORO 却充满了想侵略地球的念头。
他们在那里遭遇遗迹之中，因突发状况而被迫逃离，沦陷于困境之中。但是在那时，冬树一瞬间见证了一个位于迷路中的女儿身影。
带着对少女不解之苦，冬树和 KERORO 回到东京。然而这时，最强邪恶的敌人就出现在了他们面前。与 KERORO 一模一样的外表，但天空对决战 的主角是黑暗KERORO，带领着部下CIBABA、DORURU、MIRURU，在世界各国开始了侵略行动。
而迎击这一切的 KERORO 队伍的命运将会是？……
