小学生鹿目圆生活呵欣畅观，有美满家庭、温顺善良的性格。突然间，转学生晓美焰和她的平静生活瓦解，这个令人怜爱而又脆弱的少女似乎对小圆隐藏着些什么难言之隐。命运中的相遇让小圆救下一只伤烂的异型动物，不料此动物竟然会说人类语言。它称呼自己为丘比，并提出了一个特殊要求：希望小圆能够与之签订契约，成为魔法少女。
魔法少女是这个世界中的一种神秘存在，她们负责与魔女斗争，当作回报，丘比可以实现任何愿望。随着战斗的升级，小圆逐渐发现， magical girl 这一职业并不如故事所描述的那么美好。她们每天面临着牺牲的可能，而且随时都存在着隐藏在表面之下的残酷真相。小圆正踏上了一路，需要面对自己和世界的挑战，同时也在寻找着与丘比建立的契约的真实意义。
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