在西历 2059 年，以银河中心为目标的巨大宇宙飞船 "Macross·Frontier" 成为新故事焦点。此作为 "Macross7" 1995年放送完毕后的第一部电视新番作品，带来了超时空要塞 Macross 系列的最新创作。
在 "Macross·Frontier" 上出生的偶像歌手 Sheril Nörm 欲于该舰举行演唱会。当地有个普通高中生名叫 Lanka Lee，对这位流行歌曲排行榜第一的歌姬充满了敬佩之情。
Lanka 身边只有年纪大了很多的哥哥 Ozuma，他是特殊军事部队“SMS”所属可变战机部队精锐飞行员之一。为了妹妹着想，Ozuma隐瞒了自己在战斗机上飞行的秘密。
当 Lanka 最期待的 Sheril 演唱会即将开始时，遇到了急忙赶往演场的受训飞行员候补高中生 Alto, 此人正在求救。突然，Macross·Frontier 遭遇未知敌人。这些敌人不是地球人或异星人，而是一种未知的宇宙生物。
新统合军正被不断打击，敌人拥有威胁 VF 部队的强大攻击能力。宇宙生物侵入了市民居住区。为应对这种变化，Ozuma带领 SMS 的 VF-25 部队出动了。
宇宙生物的目的究竟是什么呢？人类能否度过这一切……!?
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