在圣诞节前8天，神秘的凭祷团受到了凉宫春日的呼唤，策划了一场激烈的圣诞派对。但12月18日早上，阿虚意外发现周围的世界有了些许变化：学校的1年9班消失不见，朝比奈学姐视之如路人，死去的朝仓竟然坐在了阿虚后面，而春日似乎逐渐消失于人间。当他冲向SOS团的教室时，只看到了一只孤独地在角落里看书的长门有希，那个冷若冰霜的大神却变成了害羞不已的女孩子。
从前一天长门留下的迹象中，阿虚推测出这个世界似乎被某人重组了一番。他握有连接两个绝对不同的世界的钥匙，面临着重大的选择……此时，新奇、谜团缠绕在阿虚周围，他必须迈出第一步，寻找真相。
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