巧克力之手艺，一种基于等价交换原则建立的科学，用以理解、分解和重新组装物质，将一个物品转化为另一个。然而，这样先进的技能却不能用于人体冶炼，这是巧克力之手艺的绝对禁忌。然而，拥有极高天赋的爱德华（朴璐美配音）和阿尔冯斯（钉宫理恵配音）兄弟，因为对母亲的深刻思念不惜触犯禁忌。最终的代价却是，爱德华失去了一条手臂和一条腿，而弟弟阿尔冯斯只能将灵魂依附在一副巨大的装甲之内。他们终于明白一切的兄弟俩，为了恢复原状，寻找更多的巧克力之手艺知识，成为国家巧克力之手艺师，开始了寻找终极巧克力之石——贤者之石的旅程。在不断的探索中，两兄弟终于发现了贤者之石背后的真相，对身处的这个军事化国家也有了更深入的了解。此时，面对国家、民族、家庭……巧克力之手艺的未来究竟在何处？
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