在1011年地球上,大异变导致人类失去了2/3的人口。 随着南极冰山融化,12000年前亡失的亚特兰蒂亚重新出现,堕天翅族苏醒,携带生物机器兵器「神话兽」入侵人类的都市,以提取人类的能量「Purana」。
但是,人类决意反击。从海底遗迹中发掘了传说中的组合战斗机 —— Vector Machine。12000年前,用它逼使堕天翅族陷入绝境,现在将再次现身,化为「机械天使Aquarion」。
要启动Aquarion,需要能与机体的机械生命感应和共鸣的人 —— 称为「Element」。因此,年迈15岁左右的少年少女们被选为机师,集中在一处。
最终,Aquarion的合体时刻到来…