庞杂的战国期末，民生羁违，山河动荡，百姓日益受压迫。铠甲之下，一个心灵纯洁、善良至极的少年，被刽子手比古清十郎所见及，纳为师徒学剑法，名号更换为“剑心”。
在国家面临危难之际，年轻的剑心怀念着改变时代的梦想，从山上下来，加入了奇兵队，后来被桂小五郎召集为自己的部下，以刽子手身份为时代的变革而作出一份贡献。少年剑心在政治斗争中连续消灭了多名官员，将敌人打得害怕不得安宁，直到有一天，一名下级武士留下无法自愈的伤疤在他脸上。
在京都寻找爱人雪代巴的路上，剑心与她遇见，是这个弱小的年轻男子将她从危险之中拯救了出来。巴走入剑心的生活，在政治斗争和田园宁静之间经历了血雨腥风和宁静淡雅。可能雪代巴是剑心那把狂舞之刀的刀鞘，但在大时代背景之下，两个人的小幸福一触即碎……
